一、预算绩效管理意识薄弱

       当前，我国有不少高校高层管理者预算绩效管理意识薄弱，不重视资金使用效益，只是将工作重心集中于申报财政预算数目上。经费使用关系实施进度，而对经费使用是否达到预定目标关注性不够。受传统预算管理惯性思维影响，大部分教职工认为预算绩效管理是学校财务工作的一部分，缺乏绩效意识，没有形成“全方位、全过程、全覆盖”实施预算绩效管理的局面。一些高校预算编制没有将其与高校战略发展目标联系起来，没有真正有效发挥预算绩效管理促进高校长期可持续发展的作用。在预算绩效管理过程中，有些高校重视申报财政预算资金、轻视预算绩效管理。

二、预算绩效管理体制不健全

       预算绩效管理体制不健全，精细化程度不足，管理机构设置不合理的现象居多。我国许多高校预算绩效管理机构只划为财务处职责范畴，基本没有建立跨部门预算绩效协调管理机构。在预算绩效管理实践中，只是财务处把握预算申报和预算资金分拨，由于对预算资金使用部门业务并不熟悉，仅仅依靠财务处力量难以实现科学有效的预算资金使用和跟踪监督，无法实现业务流程全覆盖。除此之外，部分高校的预算绩效管理制度执行力不足，将工作重心放在人才培养和科学论文发表研究等方面，对预算绩效管理体制的关注度不够。

三、预算绩效评价指标设置不合理

       不少高校预算绩效评价指标以总量性指标为主，比如论文发表学术成果数量、学科建设全国排名等，由于高校由二级学院或者系部不同部门和不同职能部门组成，各部门和各岗位的工作内容不同，因此绩效评价指标受到多方面因素的影响，统一的总量性指标并不适应各具特色的部门发展需求，造成绩效评价指标设计存在较大难度。许多高校预算绩效评价奖励制度不完善，缺乏预算绩效评价奖励标准，也就失去预算监督权威性。高校各部门只关心申请预算项目和预算资金规定时间内完成，至于预算资金使用是否达到预期，各部门并没有过多关注，财务处等监管部门很难有效监管，导致预算管理流于形式。